পাকস্থলী নিজেই নিজের এনজাইম দ্বারা পরিপাক হয়ে যায় না কারণ পাকস্থলীতে একটি বিশেষ প্রতিরক্ষামূলক প্রক্রিয়া কাজ করে। পাকস্থলীর অভ্যন্তরীণ পৃষ্ঠে একটি মোটা মিউকাস স্তর থাকে যা পাকস্থলীর দেয়ালকে এনজাইম এবং অ্যাসিডের ক্ষতিকর প্রভাব থেকে রক্ষা করে। এই মিউকাস স্তর হাইড্রোক্লোরিক অ্যাসিড এবং পেপসিন এনজাইমের সংস্পর্শে আসতে দেয় না, যা খাবার পরিপাকের জন্য প্রয়োজনীয়।
এছাড়াও, পাকস্থলীর কোষগুলি প্রোটিনের পরিবর্তে লিপিড এবং কার্বোহাইড্রেট দিয়ে গঠিত থাকে, যা এনজাইম দ্বারা ভাঙা কঠিন। এই কারণে পাকস্থলী নিজেই নিজের এনজাইম দ্বারা পরিপাক হয়ে যায় না।
যখন এই প্রতিরক্ষামূলক স্তর ক্ষতিগ্রস্ত হয় বা দুর্বল হয়ে যায়, তখন আলসারের মতো সমস্যা দেখা দিতে পারে, যেখানে পাকস্থলীর অভ্যন্তরীণ দেয়াল ক্ষতিগ্রস্ত হয়। তাই পাকস্থলীর সুরক্ষা প্রক্রিয়া খুবই গুরুত্বপূর্ণ।