যে অংশে ক্রায়োসার্জারি প্রয়োগ করা হবে তা প্রথমে শনাক্ত করা হয় এবং কতটুকু জায়গায় ক্রায়োসার্জারি প্রয়োগ করতে হবে সেটা ঠিক করা হয়। কাজগুলো করা হয় এক ধরনের সফটওয়্যারের মাধ্যমে। যেমন - যকৃৎ ক্যান্সারের ক্ষেত্রে SKALPEL-ICT নামের একটা সফটওয়্যার ব্যবহার করা হয়।
তারপর চামড়ায় ছিদ্র করে তার মধ্য দিয়ে ক্রায়োপ্রোব (মাইক্রো ক্যামেরাযুক্ত নল ) প্রবেশ করিয়ে মাত্রাতিরিক্ত ঠান্ডা কেমিক্যালগুলো ঢেলে দেওয়া হয়।
