সায়ানোব্যাকটেরিয়ায় অন্যান্য শৈবালের মত ক্লোরোপ্লাস্ট থাকে না। তবে এদের কোষের বহিঃঝিল্লির ভাঁজে থাইলাকয়েড থাকে। এদের দেহে থাইলাকয়েড সবুজাভ বর্ণ প্রদান করে। এছাড়া এতে ফাইকোবিলিন নামক রঞ্জক পদার্থ বিদ্যমান, যা নীল রঙের হয়। সব মিলিয়ে সায়ানোব্যাকটেরিয়ার রঙ নীলাভ সবুজ হয়ে থাকে। আর এই কারণে সায়ানোব্যাক্টেরিয়াকে নীলভ-সবুজ শৈবাল বলা হয়।
