ইলেক্ট্রন-মাইক্রোস্কোপের ইলেক্ট্রনের রশ্মিগুচ্ছকে বস্তুর দিকে ফোকাস করা হয়। তড়িৎ-চুম্বকীয় লেন্সের সাহায্যে বস্তুর এক বিবর্ধিত প্রতিবিম্ব প্রতিপ্রভা পর্দায় সৃষ্টি হয়। তারপর ফটোগ্রাফিক ফিল্মে বা প্লেটে ওই প্রতিবিম্বের ছবি তোলা হয়। বস্তুর এই ছবি থেকে তার গঠন সম্পর্কে পরে বিস্তৃত পর্যবেক্ষণ করা হয়।