হাইড্রোপনিক (Hydroponic) পদ্ধতি নিঃসন্দেহে খুব ভালো একটি পদ্ধতি। কিন্তু এই পদ্ধতিতে চাষ করার কিছু অপকারিতাও আছে। যেমন:
মূল্য (cost): হাইড্রোপনিক পদ্ধতিতে চাষ অনেক ব্যয়বহুল হয়ে থাকে যা আর্থিক লোকসানের কারন হয়ে দাড়াতে পারে। মূলত এই পদ্ধতিতে চাষ করতে হলে প্রথমে অনেক প্রয়োজনীয় সরঞ্জাম কিনতে হয়। যা অনেক ব্যয়বহুল।
পরিচর্যা (Maintenance): মাটির বাগানের থেকে এই পদ্ধতিতে গাছ বেশি পরিচর্যা করতে হয়। যেহেতু মাটি নেই, শুধু পানির সাহায্যেই গাছের বৃদ্ধি ঘটে তাই পরিচর্যার জন্য অনেক বেশি সময় প্রয়োজন।
রোগ (Disease): অনেক মানুষ মনে করে হাইড্রোপনিক চারাগাছগুলো রোগ বালাই এর থেকে মুক্ত থাকে। কিন্তু এটি ভ্রান্ত ধারণা। এই পদ্ধতির ফলে উদ্ভিদের মদ্ধে আরোও পানিকহিত রোগগুলো সংঘটিত হতে পারে। এমনকি সাধারন পরিবেশে জন্মানো গাছগুলোর থেকে হাইড্রোপনিক পদ্ধতিতে জন্মানো গাছ আরও বেশি আক্রান্ত হয়।
