বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যায়ঃ দেখা যায় XX প্যাটার্ন ডিম্বানুর সমন্বয়ে কন্যা শিশু আর XY প্যাটার্ন থেকে সৃষ্ট হয় ছেলে শিশু। ভ্রুনের পূর্ণতার স্তরগুলোতে ক্রোমোজোম প্যাটার্নের প্রভাবে ছেলে শিশুর মধ্যে অন্ডকোষ আর কন্যা শিশুর মধ্য ডিম্ব কোষ জন্ম নেয়। অন্ডকোষ থেকে নিসৃত হয় পুরুষ হরমোন এন্ড্রোজেন এবং ডিম্ব কোষ থেকে নিসৃত হয় এস্ট্রোজেন।
এক্ষেত্রে ভ্রুনের বিকাশকালে নিষিক্তকরণ ও বিভাজনের ফলে বেশকিছু অস্বাভাবিক প্যাটার্নের সৃষ্টি হয় যেমন XXY অথবা XYY। এর ফলে বিভিন্ন গঠনের হিজড়া শিশুর জন্ম হয়।
একটা ব্যাপার হল, একটি হিজড়া শিশুকে পরিণত বয়সে যাওয়ার আগে যদি যথযথ মেডিকেল ট্রিটমেন্ট করা হয় তাহলে বেশীভাগ ক্ষেত্রেই তাকে সুস্থ করা সম্ভব।
কিন্তু যখন বোঝা যায় সে সাধারণ আর দশজনের থেকে আলাদা তখন আসলে অনেক দেরী হয়ে যায়। একইভাবে কোন পুরুষ বা নারীও হিজড়া হতে পারেন।
মানুষ যেমন দৃষ্টি প্রতিবন্ধী হয়, শ্রবণ প্রতিবন্ধী হয় তেমনি যৌন প্রতিবন্ধিও হতে পারে। হিজড়া’রা হচ্ছে যৌন প্রতিবন্ধী। বৈজ্ঞানিক ব্যাখ্যায় বলা হয়। মানুষের ২৩ জোড়া ক্রোমোজোম তার আকৃতি প্রকৃতি ঠিক করে। এর মধ্যে ২২ জোড়া ঠিক করে একটি শিশুর তাবৎ বৈশিস্ঠ্য আর একজোড়া বা ২টি ক্রোমোজোম ঠিক করে শিশু ছেলে না মেয়ে হবে।
সে একজোড়া ক্রোমোজোম বাবার কাছ থেকে আসে XY আর মায়ের কাছ থেকে আসে XX। এই এক্স ও ওয়াই এর কম্বিনেশান জটিলতার কারণে শিশু হিজড়া হয়।
XX প্যাটার্ন ক্রোমোজমে কন্যা শিশু আর XY প্যাটার্ন ক্রোমোজমে সৃষ্ট হয় ছেলে শিশু। অর্থাৎ, X এর সঙ্গে X এর মিলনে মেয়ে বা xx এবং X এর সঙ্গে Y এর মিলনে ছেলে সন্তান বা XY জন্ম নেয়। এবং ভ্রুনের পূর্ণতার স্তরগুলোতে ক্রোমোজোম প্যাটার্নের প্রভাবে ছেলে শিশুর মধ্যে অন্ডকোষ আর কন্যা শিশুর মধ্য ডিম্ব কোষ জন্ম ।
এক্ষেত্রে ভ্রুনের বিকাশকালে নিষিক্তকরণ ও বিভাজনের ফলে বেশকিছু অস্বাভাবিক প্যাটার্নের সৃষ্টি হতে পারে যখনি এমনটা হয় তখনি শিশুর লিঙ্গ জনিত সমস্যার সৃষ্টি হয়। সে হয়তো সঠিক লিঙ্গ পায়না, অথবা পুরুষ লিঙ্গ পেয়েও পুরুষত্ব পায়না আবার নারী লিঙ্গ পেয়েও নারীত্ব পায়না।
তখন এক্স ও ওয়াই এর কম্বিনেশান স্বাভাবিক হয়না, যেমন XXY অথবা XYY। বা XYX বা YXY এর ফলে বিভিন্ন গঠনের হিজড়া শিশুর জন্ম হয়। ভ্রুনের পূর্ণতার স্তরগুলোতে ক্রোমোজম গঠ‌নের প্রভাবে ছেলে শিশুর মধ্যে ‘অন্ডকোষ’ আর কন্যা শিশুর মধ্য ‘ডিম্বকোষ’ জন্ম নেয়। অন্ডকোষ থেকে নিসৃত হয় পুরুষ হরমোন এন্ড্রোজেন এবং ডিম্বকোষ থেকে নিসৃত হয় এস্ট্রোজেন। এক্ষেত্রে ভ্রুনের বিকাশকালে নিষিক্তকরণ ও বিভাজনের ফলে বেশকিছু অস্বাভাবিক গঠ‌নের সৃষ্টি হয়। যেমন, XXY অথবা XYY। এর ফলে বিভিন্ন গঠনের হিজড়া শিশুর জন্ম হয়।