অটোজোম ছাড়া অন্যান্য যে ক্রোমোজোম জীবের লিঙ্গ নির্ধারণে সহায়তা করে তাদের অ্যালোজোম বা সেক্স-ক্রোমোজোম বলে। এগুলি সাধারণত একজোড়া হয় এবং XY বা XO বা XX ধরনের হয়। স্ত্রীদেহের সেক্স-ক্রোমোজোম দু'টি 'X' ক্রোমোজোম অর্থাৎ XX নিয়ে গঠিত, কিন্তু পুরুষ দেহে এরা XY ধরনের হয়, এদের হেটারোক্রোমোজোম বলে।