ট্যাবলেট বা তরল যা কোনওভাবেই অ্যাপল সিডার ভিনিগার খাওয়া হোক না কেন, এর উচ্চ মাত্রায় অম্লতার জন্য অতিরিক্ত ব্যবহারে খাদ্যনালী, দাঁতের এনামেল এবং পাকস্থলীর লাইনিং ক্ষয় এবং ক্ষতিগ্রস্ত করে। দাঁতে হলদে ছোপ ফেলা ছাড়া অ্যাপল সিডার ভিনিগার দাঁতের শিরশিরানি বাড়ায়। এছাড়া, অপরিশ্রুত অ্যাপল সিডার ভিনিগার সরাসরি ত্বকের ওপর লাগালে র্যাশ, চুলকানি হতে পারে এবং পোড়ার অনুভূতি হতে পারে।
সমীক্ষায় দেখা গিয়েছে, অ্যাপল সিডার ভিনিগারে উচ্চ মাত্রায় অ্যাসেটিক অ্যসিড থাকার কারণে রক্তে পটাসিয়ামের মাত্রা কমায়। এই অবস্থাকে বলা হয় হাইপোক্যালেমিয়া। এই পরিস্থিতিতে দুর্বলতা, খিঁচ ধরা, বমিভাব, বহুমূত্রতা, রক্তচাপ কমে যাওয়া, হৃদস্পন্দনে পরিবর্তন এবং পক্ষাঘাতের মতো উপসর্গ দেখা যায়।
অ্যাপল সিডার ভিনিগার এর অম্লতার জন্য সহজেই কিছু ওষূধ যেমন জোলাপ (কোষ্ঠকাঠিন্য দূর করে), ডায়রেটিকস (শরীর থেকে অতিরিক্ত জল এবং নুন বার করে দেয়), এবং ইনসুলিনের সঙ্গে বিক্রিয়া করে। যেহেতু অ্যাপল সিডার ভিনিগার সরাসরি ইনসুলিন এবং রক্তে শর্করার মাত্রার ওপরে প্রভাব ফেলে, যদি রক্তচাপ এবং রক্তে শর্করা নিয়ন্ত্রণের ওষুধের সঙ্গে যুগ্মভাবে খাওয়া হয় তাহলে তার ফল খুব খারাপ হতে পারে। ডায়বিটিস আক্রান্ত রোগীদের সতর্কতার সঙ্গে এটি বাবহার করতে হবে কারণ এর মধ্যে ক্রোমিয়াম থাকতে পারে যা ইনসুলিনের হার প্রভাবিত করতে পারে।
অতিরিক্ত অ্যাপল সিডার ভিনিগারে গ্রহণ হাড়ের আকরিক ঘনত্ব বা মিনারেল ডেনসিটি কমিয়ে দিতে পারে, ফলত হাড় ভঙ্গুর হয়ে পড়ে। কাজেই, যে সব ব্যক্তি অস্টিওপোরোসিসে আক্রান্ত তাঁদের কখনও অ্যাপল সিডার ভিনিগার নিয়ে পরীক্ষানিরীক্ষা করা উচিত হবে না।
অ্যাপল সিডার ভিনিগারে উচ্চ মাত্রায় অ্যাসেটিক অ্যসিডের উপস্থিতির কারণে এর অতিরিক্ত ব্যবহারে ফুলে যাওয়া, শ্বাস কষ্ট, গলায় যন্ত্রণা এবং ক্ষত হতে পারে।