যদিও অনেক ব্যাকটেরিয়া বিশেষ করে অন্ত্রের গুলো মানুষের জন্যে উপকারী, তথাপি কিছু ব্যাকটেরিয়ার প্রজাতি রোগজনক এবং সংক্রামক ব্যাধির কারণ। যেমন, কলেরা, সিফিলিস, অ্যানথ্রাক্স, কুষ্ঠব্যাধি, বিউবনিক প্লেগ ইত্যাদি। শ্বাস নালীর সংক্রমণের ফলে সৃষ্ট রোগসমূহ হলো ব্যাকটেরিয়াজনিত সর্বাপেক্ষা মারত্মক ব্যাধি।