গাছের একবারেই নিজস্ব কিছু রোগ প্রতিরোধ ক্ষমতা রয়েছে।তা যদি আমরা ভাগ করি তবে এর মধ্যে একদল রাসায়নিক এবং বেশ কয়েকটি শারীরিক ফ্যাক্ট পাব।শারীরিক দিক দিয়ে এর অভেদ্য ত্বক , ছাল এবং মোমের প্রলেপ রয়েছে। যা এর মধ্যে কোনো জীবাণুর আক্রমণ থেকে নিজেকে রক্ষা করে। তাছাড়া খোসা, কাটা, টোপ এগুলো ও শারীরিক প্রতিরক্ষার আওতাভুক্ত।
এবার আসি যদি জীবাণু আক্রমণ করেই ফেলে? বা কোনো পোকামাকড় দ্বারা আক্রমণ হয়ে যায় সেক্ষেত্রে? এর জন্য প্রস্তুত আছে গাছের রাসায়নিক-বাহিনী। উদ্ভি‌দের এক ধরনের কোষ আবরণী আছে যারা ‌‌‍সংক্রমিত জীবানু চিন্হিত করার কাজে নিয়োজিত।জীবাণুর গন্ধ পেলেই এরা গাছের প্রতিরক্ষী অনুজীবদের জেগে ওঠার সিগন্যাল পাঠায়।তখন তারা ওই আক্রান্ত অঞ্চলে ঝাপিয়ে পড়ে যেন ওই জীবানু আর ছড়াতে না পারে। সাথে সাথে একটু বেশি অংশ তারা ধ্বংস ও করে যাতে ইনফেকশন অন্য অঞ্চলে ছাড়াতে না পারে।
উদ্ভিদের কোন অংশ আক্রান্ত হলে অন্য স্থানে হরমোন ও ইলেকট্রনিক সিগন্যালের মাধ্যমে সতর্ক বার্তা প্রেরণ করে। উদ্ভিদের অন্যান্য অংশ এই সিগন্যাল শনাক্ত করে প্রতিরক্ষার জন্য যৌগ প্রস্তুত করতে থাকে। উদ্ভিদ এমন কিছু যৌগ উৎপাদন করতে পারে যা অণুজীব, কীটপতঙ্গ এমনকি মানুষের জন্য বিষাক্তকর। যেমন আম গাছের কষ আমাদের ত্বকের জন্য বেশ ক্ষতিকর। এটিও কিন্তু এক ধরনের রাসায়নিক প্রতিরোধ ক্ষমতা।