ওই এলাকায় পোর্তুগিজ উপনিবেশের কারণে আলাদা সংস্কৃতি ছিল। পরে একসময় সুযোগ পেয়ে ইন্দোনেশিয়া ওই দেশ দখল করে নেয়।
আক্রমণের শুরু থেকেই ইন্দোনেশিয়া বর্বরতার আশ্রয় নেয়। তাদের সেনাবাহিনী ইস্ট তিমোরের বিভিন্ন শহরে ঠাণ্ডা মাথায় হাজার হাজার মানুষকে খুন করে। মহিলাদের ধর্ষন করে খুন করা হয়। শিশুদের ট্রাকে করে নিয়ে গিয়ে পাহাড়ের ওপর থেকে ছুড়ে ফেলা হয়।
ইন্দোনেশিয়ার অন্য অংশের মত ইস্ট তিমোরে ইসলামী প্রভাব ছিল না। ওখানকার মানুষ মূলত অ্যানিমিস্ট ছিলেন। ইন্দোনেশিয়ার নিয়ম অনুযায়ী একমাত্র একেশ্বরবাদী ধর্মকেই মান‍্যতা দেওয়া হত। সেজন্য দলে দলে তিমোরের লোকজন খ্রিস্টান ক‍্যাথোলিক ধর্ম গ্রহণ করে।
বিদ্রোহীদের দমনের জন্য ইন্দোনেশিয়া ডেমোগ্রাফি বদলের চেষ্টা করে। জাভা ও বালি থেকে হিন্দু মুসলমান গরিব চাষিদের সেখানে জমি দেওয়া হয়। কিন্তু তাদের অনেকে বিদ্রোহী ও স্থানীয় লোকজনের হাতে মারা যায়।
ইন্দোনেশিয়া পোর্তুগিজ ভাষা নিষিদ্ধ করে বাহাসা ইন্দোনেশিয়ার প্রচলন করে। সাধারণ মানুষকে বিদ্রোহী বলে সন্দেহ হলে হত্যা, গণহত্যা করা হত। অনেকেই হঠাৎ নিখোঁজ হয়ে যেতেন।
ইন্দোনেশিয় সেনারা ওই এলাকায় বহু মহিলাকে যৌনদাসীতে পরিনত করে। অনেককে জবরদস্তি "বিয়ে" দেওয়া হয়। এর পুরোটা ইন্দোনেশিয়া সরকারের অনুমতিতে চলে। সেনাবাহিনীর কাছে এরকম স্থানীয় মহিলাদের রেজিস্টার থাকত, যাদের যে কোন সময় যৌন নির্যাতনের জন্য ডেকে পাঠানো হত। লক্ষ লক্ষ মানুষ পরিবার বাঁচাতে গিয়ে নিহত হন। স্থানীয় জনসংখ্যা যাতে না বাড়ে, সেজন্য forced sterilization করা হয়।
শুধু তাই নয়, ব্রিটিশ সরকার বাংলায় যেভাবে কৃত্রিম দুর্ভিক্ষ করেছিল, তেমনি ইস্ট তিমোরের জনতাকে ধ্বংস করতে কৃত্রিম দুর্ভিক্ষ করা হয়। ইস্ট তিমোরের লোকজন দুর্গম এলাকায় লুকিয়ে পড়ে। তখন ইন্দোনেশিয়ার সরকার রাসায়নিক অস্ত্রের ব‍্যবহার করে ওই এলাকার ফসল নষ্ট করে দেয়। যখন খিদের জ্বালায় মানুষ সমতলে নেমে আসত, তখন তাদের হত্যা করা হত। এছাড়া প্রচুর মানুষকে বিভিন্ন ক‍্যাম্পে রাখা হয় সেখানেও অনেকে মারা যান। বাকিদের অন‍্যত্র বসবাসের অযোগ্য জায়গায় পাঠানো হয়।
ইন্দোনেশিয়ার সরকারের আরেকটি অপরাধ হল তিমোরের দম্পতিদের থেকে সন্তান কেড়ে নিয়ে তাদের ইন্দোনেশিয়ার দম্পতিদের হাতে দেওয়া। সেই সঙ্গে গেরিলা বিদ্রোহীদের সঙ্গে যুদ্ধ করতে যাওয়ার সময় ৫০-৮০হাজার মানুষকে হিউম্যান শিল্ড হিসেবে নিয়ে যাওয়া হয়।
এরপর ধীরে ধীরে এই নির্যাতনের কথা আন্তর্জাতিক দুনিয়ায় প্রকাশিত হয়। ইন্দোনেশিয়ার সরকারও একের পর এক ম‍্যাসাকার করে ব‍্যাকফুটে চলে যায়। অবশেষে রাষ্ট্রপুঞ্জের সহায়তায় গণভোটের মাধ্যমে পূর্ব তিমোর স্বাধীন হয়। তবে ভোটের পরপরই ইন্দোনেশিয়াপন্থীরা, যারা ডেমোগ্রাফি চেঞ্জের কারণে ওখানে এসেছিল, তারা ফের গণহত্যা চালায়।অস্ট্রেলিয়া, আমেরিকা সহ পশ্চিমা দেশগুলোর চাপে অবশেষে ইন্দোনেশিয়া পূর্ব তিমোর থেকে সৈন্য সরিয়ে নেয়।এরপরও সেখানে রাজনৈতিক গন্ডগোল লেগে রয়েছে। তবে ধীরে ধীরে দেশটি উন্নতি করছে। তাদের সমাজও খ্রীস্টান ধর্মের গোঁড়ামি ছেড়ে অনেক উদার হচ্ছে।