জীববৈচিত্র্যের মৌলিক ধাপ হচ্ছে প্রজাতি বৈচিত্র্য। বিভিন্ন প্রজাতির সংখ্যা যা একটি নির্দিষ্ট সময়ে ও অঞ্চলে একসঙ্গে বাস করে এবং একটি বাস্তুতান্ত্রিক সম্প্রদায় গড়ে তোলে এবং তাকে প্রজাতি বৈচিত্র্য বলে। মরু ও মেরু অঞ্চলে জীববৈচিত্র্য বেশি।
যেসব অঞ্চলে প্রজাতি বৈচিত্র্য বেশি সে অঞ্চলকে সাধারণত জীববৈচিত্র্যের হটস্পট হিসেবে বিবেচনা করা হয়।
