জিনগত বৈচিত্র বলতে নির্দিষ্ট বাস্তুতন্ত্রের কোন নির্দিষ্ট প্রজাতির সদস্যদের মধ্যে জিনগত উপাদানে বৈষম্যের মাত্রাকে বোঝায়।
জিনগত সাধারণ গঠন বা কোড এর কারণে একটি প্রজাতির প্রত্যেক সদস্যের সুনির্দিষ্ট বৈশিষ্ট থাকে। জীবদেহে অবস্থিত জিনগুলোর মধ্যে সীমাহীন সম্মিলনের ফলেই জিনগত বৈষম্যের সৃষ্টি হয়।
জিনগত বৈচিত্র্য নির্দিষ্ট এক প্রজাতির সদস্যভিত্তিক হওয়ায় একে অন্তঃপ্রজাতিক বৈচিত্র্যও বলা হয়।
