গ্রাফাইটে প্রত্যেকটি কার্বন পরমাণু আরও তিনটি কার্বন পরমাণুর সাথে সমযোজী বন্ধনে যুক্ত হয়ে একটি ষড়ভূজের সৃষ্টি করে যার ছয়টি বাহুর ছয়টি প্রান্তে ছয়টি কার্বন পরমাণু অবস্থান করে। এই প্রত্যেকটি পরমাণু ওই ষড়ভূজের দুইটি পরমাণুর সাথে এবং পার্শ্ববর্তী ষড়ভূজের ওপর একটি কার্বন পরমাণুর সাথে সমযোজী বন্ধন গঠন করে। এভাবে অসংখ্য ষড়ভুজ পাশাপাশি যুক্ত হয়ে একটি বিস্তৃত লেয়ার বা শীটের মত সৃষ্টি করে এবং এরকম অসংখ্য লেয়ার উপরে নিচে সজ্জিত হয়ে গঠন করে গ্রাফাইট এর ক্রিস্টাল স্ট্রাকচার। এখানে উপরে নিচের প্রত্যেকটি কার্বন পরমাণু একে অপরের সাথে দুর্বল ভ্যানডার ওয়াল বন্ধনে আবদ্ধ থাকে। এই দুর্বল ভ্যানডারওয়াল বন্ধনের কারণেই গ্রাফাইটের একটি লেয়ার অন্যটি থেকে সহজে দূরে যেতে পারে এবং গ্রাফাইটের প্রকৃতি নরম হয়। তাই আমরা যখন পেন্সিল দিয়ে লিখি তখন একটি শীট থেকে আরেকটি শীট খুব সহজেই আলাদা হয়ে কাগজের পৃষ্ঠে চলে আসে।
