বিজ্ঞান আর ধর্ম পরস্পর শত্রু না। দুটির কার্যপদ্ধতি ভিন্ন ধরণের। এদের মধ্যে মিল থাকতে পারে আবার অমিলও থাকতে পারে।
বিজ্ঞান প্রমাণের উপর নির্ভরশীল। কিছু প্রমাণিত না হওয়া পর্যন্ত বিজ্ঞান সেটাকে স্বীকৃতি দেয়না। অপরদিকে ধর্মের বেশিরভাগ অংশ বিশ্বাসের উপর নির্ভরশীল। ধর্মের বিভিন্ন কনসেপ্ট আছে যেগুলো প্রমাণিত না, যেমনঃ পরকাল। এটি সম্পূর্ণ বিশ্বাসের ব্যাপার, কোনোভাবেই প্রমাণ করা সম্ভব না। তাই বিজ্ঞান এটি বিশ্বাস করবেনা। আবার ধর্মগ্রন্থের বিভিন্ন বিষয় আছে, যেগুলো বিজ্ঞানের দ্বারা প্রমাণিত। এগুলো বিজ্ঞান মানবে। এমন হতে পারে বিজ্ঞানের দ্বারা প্রমাণ করা যায়না সেগুলো সত্য অথবা মিথ্যা। যে বিষয় প্রমাণ করা সম্ভব হবেনা সেটি বিজ্ঞান মানবেনা।যেটি প্রমাণিত সেটি মানবে। সেটি ধর্মীয় কোনোকিছু হোক আর অন্য কোনোকিছুই হোক।
ধর্ম ও বিজ্ঞান দুটির কনসেপ্ট ভিন্ন। তাই এদের মধ্যে শত্রুতা আছে বা দুটি সম্পূর্ণ এক জিনিস কোনোটাই বলা ঠিক হবেনা।