জেল পেনের কালি তৈরি করা হয় পানি ও বায়োপলিমারের মিশ্রণ দিয়ে, আর ঘন করার জন্য এতে যুক্ত করা হয় Copper Phthalocyanine 3 Iron oxide। এই পদার্থগুলো খোলা অবস্থায় সহজেই বাতাসে মিশে যেতে পারে। এ কারণে জেল পেনের ক্যাপ অনেকদিন ধরে খোলা রেখে দিলে কালি শুকিয়ে
যায়।