রঙের পার্থক্যের প্রধান কারণ হলো ফ্যাট বা চর্বির (দুধের ননি) তারতম্য। ননির রং কিছুটা হলুদ। দুধ জ্বাল দিয়ে ঘন করলে তা কিছুটা হলুদ রং ধারণ করে। দুধের সরে ননি বেশি থাকে বলেই তার রং হলুদ। দুধের চেয়ে মাখনে ননির পরিমাণ আরও বেশি। প্রশ্ন হলো এই হলুদ রংটা আসে কোথা থেকে। এটা আসে গরুর খাবার থেকে। গরু যে ঘাস, ভুসি, গম খায়, তাতে থাকে বিটা ক্যারোটিন। এগুলোর রং হলুদ। এই হলুদ রঙের বিটা ক্যারোটিন গরুর দুধের চর্বিতে সঞ্চিত হয়। কিন্তু সেই রং দুধে দেখা যায় না। কারণ, দুধের বেশির ভাগই পানি, যার রং সাদা। মাত্র ৩ শতাংশ ননি থাকে। দুধের সরে ৩০ থেকে ৪০ শতাংশ ননি থাকে। মাখনে থাকে প্রায় ৮০ শতাংশ। দুধের মধ্যে ননির বিন্দুগুলো পাতলা আবরণে ঢাকা থাকে। ফলে এর ভেতরের বিটা ক্যারোটিন চোখে দেখা যায় না। ননির চারপাশের আবরণ এমনভাবে আলোর প্রতিফলন ঘটায় যে দুধের রং সাদা দেখায়। বিটা ক্যারোটিনের হলদে ভাবটা দেখা যায় না। ভেড়া, ছাগল বা একধরনের মহিষের (ওয়াটার বাফেলো) দুধের তৈরি মাখন সাদা রঙের হয়। কারণ এই প্রাণীগুলো বিটা ক্যারোটিন সংরক্ষণ করে না, যেমন করে গরু। মাখনের হলুদ রং দেখলে জিবে পানি এসে যায়। কারণ, ননিযুক্ত মাখনের স্বাদ অতুলনীয়। সে জন্য অনেক সময় বাণিজ্যিকভাবে উত্পাদিত মাখনে কৃত্রিম রং মেশানো হয়, যেন আরও হলুদ রঙের দেখায়।
