যে এনজাইম প্রয়োগ করে DNA অণুর সুনির্দিষ্ট সিকোয়েন্সের একটি অংশ কেটে নেওয়া যায়, ওই এনজাইমকে রেস্ট্রিকশন এনজাইম বলে। বিভিন্ন ধরনের ব্যাকটেরিয়া থেকে এ পর্যন্ত ২৫০টির অধিক রেস্ট্রিকশন এনজাইম পৃথক করা হয়েছে। যেমন—EcoRI, Hind III, BamHI ইত্যাদি। রেস্ট্রিকশন এনজাইমগুলো DNA অণুর একটি সুনির্দিষ্ট সাজানো পদ্ধতির অংশকে কেটে দেয় এবং একই রেস্ট্রিকশন এনজাইম দ্বারা প্লাজমিডের ওই একই বেস সিকোয়েন্স বিশিষ্ট অংশকে কাটা যায়। সাধারণত এরা ৪-৬ জোড়া বেস অংশ কেটে থাকে। তাই রেস্ট্রিকশন এনজাইমকে DNA কর্তনের সূক্ষ্ম ছুরিকা বলা হয়।